تشمل الأمعاء آلاف أنواع الجراثيم وتُعرَف باسم البيئة الميكروبية المعوية. يكون عدد كبير منها مفيداً لصحة الجهاز الهضمي.
تقوم هذه البيئة الميكروبية بأدوار عدة، منها تفكيك المغذيات الموجودة في الطعام وحماية الأمعاء من الالتهابات. لم يكتشف علماء الطب بعد جميع المعلومات اللازمة حول خصائص سلالات الجراثيم وتركيباتها ووظائفها، ومع ذلك تزعم الشركات أن المحفزات الحيوية (أي الأغذية والمكملات التي تحتوي على جراثيم حية) قادرة على تحسين حالات مثل مرض التهاب الأمعاء ومتلازمة القولون العصبي. راجعت "الرابطة الأميركية لأمراض الجهاز الهضمي" دراسات مهمة واستنتجت أن بعض أنواع المحفزات الحيوية قد يكون مفيداً للوقاية من أمراض معوية مثل الالتهاب المعوي القولوني الناخر عند إعطائه للأطفال المولودين قبل أوانهم، ولتقليص خطر الإصابة بعدوى المطثية العسيرة حين يأخذ الناس المضادات الحيوية، وللتحكم بالتهاب الجيبة (أحد مضاعفات جراحة التهاب القولون التقرحي). على صعيد آخر، ما من أدلة كافية لوصف المحفزات الحيوية لمعالجة مشاكل هضمية أخرى إلا إذا أوصـى بها الطبيب.
لتحسين صحة البيئة الميكروبية المعوية، تقضي طريقة آمنة أخرى باختيار حمية غذائية غنية بالألياف، ما يعني أن تحتوي على كمية كبيرة من الفاكهة والخضار والحبوب الكاملة.
